Introducción. La colonización y/o infección por varios microorganismos, determinan la evolución clínica y la calidad de vida en general de los pacientes con fibrosis quística. Objetivo. Identificar bacterias causantes de infección respiratoria en pacientes con fibrosis quística. Métodos. Investigación descriptiva de corte transversal realizada en la provincia Santiago de Cuba en enero-diciembre del 2009, con universo formado por 30 pacientes fibroquísticos atendidos en consulta. Se realizó hisopado faríngeo al 100% del universo y toma de muestra de esputo bacteriológico al 100% de los pacientes con manifestaciones respiratorias bajas (19), según criterio de Alarcón y colaboradores; ambas muestras se sembraron en medios de agar sangre, agar Mc conkey y agar chocolate, se incubaron entre 24-48h, a 37ºC, en condiciones de aerobiosis. La incubación del agar chocolate realizó en atmósfera húmeda con 5% de CO₂. Resultados. Según tipo de muestra, la mayor productividad correspondió a esputo bacteriológico (79%; 15/19), siendo Pseudomonas aeruginosa, el aislamiento más frecuente para esta muestra (33,33%; 5/15), seguido de S. aureus y enterobacterias (20%, 3/15). El 40% de los aislamientos de P. aeruginosa mostró el patrón característico de multirresistencia y elevada sensibilidad a imipenen (90%). Conclusiones. Aunque bien reconocidos los agentes bacterianos que colonizan e infectan a pacientes que padecen de fibrosis quística, se convierte en una necesidad para la asistencia la identificación del agente etiológico que causa cada una de las frecuentes infecciones que los afectan.